Cuando El Salvador logró su independencia de España, la noticia llego el 21 de septiembre de 1821, en ese momento fungía como Intendente Colonial, el Dr. Pedro Barriere, de origen cubano, quien desde ese momento quedó como Jefe Civil de la Provincia de San Salvador, siguiendo después todos los demás mandatarios hasta nuestros días que gobierna un presidente el cual tiene un periodo de cinco años.
- Dr. Pedro Barriere (1821)
- Presbítero y Doctor José Matías Delgado (1821-1823)
- Brigadier Vicente Filísola (1823)
- General Felipe Codallos (1823)
- Junta Consultiva (1823)
- Don Juan Manuel Rodríguez (1824)
- Don Juan Vicente Villacorta (1824-1826)
- Lic. José Damián Villacorta (1830)
- Don José María Cornejo (1829-1830, 1830-1832)
- Don Mariano Prado (1823, 1824, 1826-1829, 1832-1833)
- Coronel Joaquín San Martín (1832, 1833-1834)
- General Carlos Salazar
- Don Joaquín Escolán y Balibrera (1834-1835)
- Licenciado y General Nicolás Espinoza (1835)
- Coronel y Licenciado Francisco Gómez (1835-1836)
- Don Diego Vigil (1836-1837, 1837-1838)
- Don Timoteo Menéndez (1837, 1838-1839)
- General Francisco Morazán (1832, 1839-1840)
- Licenciado José María Silva (1834-1835, 1840)
- Licenciado Norberto Ramírez (1840-1841)
- Lic. Juan Lindo (1841-1842)
- General Escolástico Marín (1842)
- Don Dionisio Villacorta (1842)
- General Francisco Malespín (1844)
- General Fermín Palacios (1844, 1845, 1846)
- Dr. Eugenio Aguilar (1846-1848)
- Don Tomás Medina (1848)
- Don Ramón Rodríguez (1850)
- Don Doroteo Vasconcelos (1848-1850, 1850-1851)
- Don Vicente Gómez (1854)
- Coronel José María San Martín (1852, 1854-1856)
- Don Rafael Campo (1856-1858)
- Don Lorenzo Zepeda (1858)
- General Miguel Santín del Castillo (1858-1859)
- General Joaquín Eufrasio Guzmán (1844-1845, 1845-1846, 1859)
- Don José María Peralta (1860-1861)
- Capitán General Gerardo Barrios (1858, 1859-1860, 1861-1863)
- Licenciado Francisco Dueñas (1851-1852, 1852-1854, 1856, 1863-1865, 1865-1871)
- Mariscal Santiago González (1871-1872, 1872-1876)
- Don Andrés Valle (1876)
- Don Ángel Guirola (1884)
- Dr. Rafael Zaldívar (1876-1880, 1880-1884, 1884-1885)
- Don José Rosales (1885)
- General Francisco Menéndez (1885-1887, 1887-1890)
- General Carlos Ezeta (1890-1891, 1891-1894)
- General Rafael Antonio Gutiérrez (1894-1895, 1895-1898)
- General Tomás Regalado (1898-1899, 1899-1903)
- Don Pedro José Escalón (1903-1907)
- General Fernando Figueroa (1885, 1907-1911)
- Dr. Manuel Enrique Araujo (1911-1913)
- Don Carlos Meléndez (1913-1914, 1915-1918)
- Don Jorge Meléndez (1919-1923)
- Dr. Alfonso Quiñónez Molina (1914-1915, 1918-1919, 1923-1927)
- Dr. Pío Romero Bosque (1927-1931)
- Ing. Arturo Araujo (1931)
- Directorio Cívico Militar 1931
- Gral. Maximiliano Hernández Martínez (1932-1944)
- Gral. Andrés Ignacio Menéndez(1934-1935, 1944)
- Coronel Osmín Aguirre y Salinas (1944-1945)
- Gral. Salvador Castaneda Castro (1945-1948)
- Consejo revolucionario de Gobierno (1948-1950)
- Coronel Óscar Osorio (1950-1956)
- Coronel José María Lemus (1956-1960)
- Junta de Gobierno (1960-1961)
- Directorio cívico-militar (1961-1962)
- Dr. Rodolfo Cordón Cea (1962)
- Coronel Julio Adalberto Rivera (1962-1967)
- Gral. Fidel Sánchez Hernández (1967-1972)
- Coronel Arturo Armando Molina (1972-1977)
- Gral. Carlos Humberto Romero (1977-1979)
- Renuncia de miembros civiles (1979-1980)
- Primera Junta Revolucionaria de Gobierno
- Segunda Junta Revolucionaria de Gobierno
- Tercera Junta Revolucionaria de Gobierno
- Dr. Álvaro Magaña (1982-1984)
- Ing. José Napoleón Duarte (1984-1989)
- Lic. Alfredo Cristiani (1989-1994)
- Dr. Armando Calderón Sol (1994-1999)
- Lic. Francisco Flores (1999-2004)
- Elías Antonio Saca (2004-2009)
- Mauricio Funes (2009-)